Dobrý den,
pro vystavování faktur stačí samotné Magento, jen není moc optimální z pohledu české legislativy, tak se většinou používají rozšíření pro českou fakturaci. Např. Česká PDF faktura, kterou nabízí X českých vývojářů - mě se osvědčila ta od EasyCommerce.
Co se týče účetnictví, nejvíce modulů a hotových napojení na účetní software je pro Stormware Pohoda asi, např. modul B2Sync od Artio umí propojení Magenta s účetnictvím Pohoda, ale třeba i Money S3 (omezeně i Money S4).
Párování plateb s bankou lze také řešit, ale nebývá na to nic hotového - osobně to řeším většinou na míru potřebám daného eshopu a banky (bývají tam rozdíly ve workflow, obchodních procesech apod.).
Mějte se